Zwiększona warunkami wojny śmiertelność znacznie powiększyła materiał sekcyjny. Na zwłokach przeprowadzał eksperymenty. Z polecenia Becka przekazywano do zakładu zwłoki zamordowanych m.in. w więzieniu przy ul. Montelupich, w obozie w Płaszowie, czy ofiary publicznych egzekucji. Ciała były często przez niego bezczeszczone – wieszał je na hakach i strzelał do nich. Zmuszał także pracowników do wyrywania złotych koron i mostków. Ze spreparowanych czaszek kazał wykonywać popielniczki, a z łopatek breloki.

W 1942 roku Beck wziął udział w likwidacji pacjentów Zakładu dla Umysłowo i Nerwowo Chorych w Kobierzynie. W raporcie Okręgowej Komisji Badania Zbrodni Hitlerowskich w Krakowie możemy przeczytać, że „aktywny udział w likwidacji chorych brał dr Werner Beck, który prawdopodobnie uśmiercał zastrzykami chorych pozostawionych w pawilonach”

W 1943 roku Werner Beck jako kierownik Instytutu Medycyny Sądowej brał udział w ekshumacji polskich oficerów zamordowanych w Katyniu. Swoje zeznania w tej sprawie złożył w 1952 roku przed amerykańską Specjalną Komisją Śledczą Kongresu Stanów Zjednoczonych do Zbadania Zbrodni Katyńskiej zwaną „komisją Maddena”

W styczniu 1945 r. przed wkroczeniem Sowietów do Krakowa Beck zbiegł do Niemiec. W 1952 r. na zaproszenie swojego mentora, nazistowskiego lekarza patologa prof. Martina Staemmlera rozpoczął pracę w kierowanym przez niego Instytucie Patologiczno-Bakteriologicznym Szpitali Miejskich w Akwizgranie.

 Za swoją działalność na rzecz III Rzeszy nigdy nie stanął przed sądem. Zmarł najprawdopodobniej w 1988 r.

 Tekst D.Pasich ( IPN Kraków)