Krakowska informatyczna firma, która jest głównym udziałowcem oraz sponsorem klubu, posiada 66,11 procent akcji. Właścicielem 33,64 procent jest Gmina Miejska Kraków. Comarch od dawna deklarował chęć wykupienia mniejszościowego pakietu akcji. Problemem była kwota.
Miasto ogłosiło dwa przetargi (termin pierwszego wygasł w lipcu, a drugiego w październiku) z ceną wywoławczą 26 719 725 mln zł. Mie przyniosły one rozstrzygnięcia, gdyż Comarch – jedyny chętny na zakup – zaoferował kwotę 19 867 186,33 zł. Brak rozstrzygnięcia przetargów sprawił, że strony przystąpiły do negocjacji, w trakcie których ustalono cenę 21 206 328 zł.
Na środowym posiedzeniu Rady Miasta przyjęto uchwałę o sprzedaży akcji za wynegocjowaną kwotę. Za jej przyjęciem opowiedziało się 23 radnych, 9 było przeciwnych, a trzech wstrzymało się od głosu.
MKS Cracovia SA powstał w 1997 roku. W styczniu 2003 roku Comarch SA – za 3 miliony złotych – nabył 28 procent jej akcji. W kolejnych latach informatyczna firma należąca do Janusza Filipiaka systematycznie zwiększała swoje udziały poprzez dokapitalizowanie spółki. Ostatnie nastąpiło w styczniu 2014 roku, gdy Comarch SA stał się posiadaczem 66,11 procent akcji.
Cracovia prowadzi dwie sekcje sportowe - piłkę nożną i hokej na lodzie. Zespoły te występują w najwyższych klasach rozgrywkowych. Obecnie p.o. prezesa spółki jest Elżbieta Filipiak, gdyż prezes Janusz Filipiak przebywa w stanie ciężkim w Szpitalu Uniwersyteckim w Krakowie. Obowiązki prezesa Comarchu SA pełni natomiast córka Janusza Filipiaka - Anna Pruska.