Likwidacja sześciu departamentów: spraw obywatelskich, marki Kraków, zrównoważonego rozwoju, komunalnego, polityki społecznej i edukacji była jedną z obietnic wyborczych Gibały w jego kampanii. Ówczesny kandydat podkreślał wtedy, że powołanie nowych struktur w magistracie było całkowicie niepotrzebne i wygenerowało ogromne koszty.
Departamenty powstały z inicjatywy poprzedniego prezydenta Krakowa Aleksandra Miszalskiego. Zarządzenie o ich utworzeniu podpisał 21 listopada 2024 roku, a działalność rozpoczęły 1 lutego 2025 roku.
Początkowo departamentów było osiem. Dwa – prezydencki i ładu przestrzennego – zostały zlikwidowane już wcześniej.