Michaël Pereira urodził się 8 grudnia 1987 roku w Paryżu, ale legitymuje się również paszportem Republiki Zielonego Przylądka. Pierwsze piłkarskie kroki stawiał w juniorskich drużynach Blanc Mesnil Sport, skąd w 2008 roku przeniósł się do Alfortville, by tam rozpocząć występy na szczeblu seniorskim. Rok później zawodnik opuścił Francję i postanowił przeprowadzić się do sąsiedniej Hiszpanii, dołączając do RCD Mallorca B.
Piłkarz szybko zaaklimatyzował się w nowym klubie, skutkiem czego po 12 miesiącach został włączony do kadry pierwszego zespołu. Barwy Los Bermellones Pereira reprezentował łącznie przez trzy lata, rozgrywając w tym czasie 171 spotkań w La Lidze, Segunda División oraz Pucharze Króla, zdobył 14 bramek i zanotował 20 asyst. Ponadto w latach 2013-2014 przebywał na wypożyczeniu, zbierając cenne doświadczenie w ekipie Granada CF.
W sierpniu 2016 roku trafił do Yeni Malatyaspor, by po trzech sezonach regularnych występów w tureckiej lidze związać swoją przyszłość z rumuńskim CFR 1907 Cluj, z którym 2-krotnie świętował mistrzowski tytuł. W lipcu 2021 roku Michaël Pereira zdecydował się na powrót do Turcji i parafował umowę z Kocaelisporem, dla którego w trakcie minionej kampanii na drugim szczeblu rozgrywkowym oraz w krajowym pucharze zagrał łącznie 29 spotkań, strzelił 4 gole i dorzucił 2 asysty.