Skarga, którą poseł Adamczyk, były minister infrastruktury, złożył do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego na uchwałę Rady Miasta Krakowa o SCT, została oddalona w sierpniu 2025 roku. Sąd uznał wówczas, że poseł nie ma żadnego interesu prawnego w tej sprawie. Z taką decyzją sądu Adamczyk się nie zgadza, uważa, że jako mieszkaniec Małopolski i osoba, która ma w Krakowie biuro poselskie - ma prawo zaskarżyć SCT.
Utożsamiam się ze wszystkimi tymi, którzy nie zgadzają się z zapisami uchwały o strefie czystego transportu, która dyskryminuje nie tylko mieszkańców spoza Krakowa, ale część mieszkańców Krakowa również. Bez względu na decyzję Naczelnego Sądu Administracyjnego będziemy dalej realizowali wszystkie działania, których celem będzie doprowadzenie do uchylenia tej uchwały
- wyjaśnia Andrzej Adamczyk
Spór o krakowską strefę czystego transportu trwa od poprzedniej uchwały z końca 2022 roku. W styczniu 2024 roku Wojewódzki Sąd Administracyjny unieważnił tamtą uchwałę w całości, uznając, że nie określała dostatecznie precyzyjnie granic strefy i zasad organizacji ruchu. Później do Naczelnego Sądu Administracyjnego trafiła skarga kasacyjna, dlatego tamten wyrok nie stał się prawomocny.
Nową uchwałę Rada Miasta przyjęła w 2025 roku, ale także ona została zaskarżona przez wojewodę małopolskiego do sądu. Wojewoda argumentował, że część zapisów może naruszać zasadę proporcjonalności i równości wobec prawa, zwłaszcza wobec mieszkańców spoza Krakowa.
W styczniu 2026 roku Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie tylko częściowo uwzględnił skargę wojewody. Sąd zakwestionował dwa rozwiązania: uznał, że z opłat za wjazd do strefy powinni być zwolnieni wszyscy mieszkańcy Krakowa, a nie tylko osoby z meldunkiem, oraz że zwolnienie powinno objąć pacjentów wszystkich placówek medycznych, a nie wyłącznie publicznych. W pozostałej części uchwała została obroniona.
Po tym wyroku prezydent Krakowa Aleksander Miszalski zapowiedział korekty. Ogłosił, że miasto wykona wyrok WSA, a dodatkowo chce rozszerzyć katalog zwolnień między innymi o dojazd do parkingów Park&Ride i placów targowych, o osoby z Małopolski w trudnej sytuacji materialnej, a także o krakowskich przedsiębiorców i organizacje pożytku publicznego. Zapowiedział też utrzymanie dotychczasowych opłat za wjazd starymi samochodami do końca 2028 roku. Sam przyznał, że przy pierwszej wersji SCT miasto „popełniło błędy”, bo zlekceważyło część uwag mieszkańców.
Ten plan zmian zatrzymała jednak kasacja wojewody małopolskiego - jej złożenie sprawiło, że styczniowy wyrok WSA pozostał nieprawomocny, a szybkie wprowadzenie zapowiadanych korekt stało się niemożliwe. Miszalski oceniał wtedy, że wojewoda „zrobił na złość mieszkańcom”, bo opóźnił wejście w życie korzystnych zmian dla osób niezameldowanych w Krakowie i pacjentów dojeżdżających do placówek medycznych.
W tym kontekście kolejna skarga kasacyjna, tym razem złożona przez posła PiS Andrzeja Adamczyka, oznacza dalsze zaostrzenie polityczno-prawnego sporu wokół SCT.
Strefa Czystego Transportu obowiązuje w Krakowie od 1wszego stycznia.