Pod koniec lata 1944 r., gdy malała liczba transportów z Żydami przeznaczonymi na zagładę, Niemcy zaczęli sukcesywnie likwidować więźniów Sonderkommanda. We wrześniu zgładzili ok. 200 osób. Pozostali zdali sobie sprawę z zagrożenia i zaplanowali bunt. W przygotowaniach Żydom pomagali jeńcy sowieccy, również wcieleni do Sonderkommanda.

Plan buntu zakładał wysadzenie krematoriów, podpalenie baraków, przecięcie drutów i masową ucieczkę. Więźniowie dysponowali prymitywnymi granatami, wykonanych z materiału wybuchowego zdobytego od więźniarek pracujących przy demontażu starych samolotów.

7 października 1944 r. rano obozowy ruch oporu zawiadomił buntowników, że SS zamierza zgładzić 300 członków Sonderkommanda. Żydzi postanowili walczyć. Organizatorami buntu byli polscy Żydzi: Załmen Gradowski, Jankiel Handelsman, Józef Deresiński, Josef Darębus. Sygnałem do walki miało być podpalenie krematorium.

Shlomo Venezia, zmarły w 2012 r. członek Sonderkommanda, wspominał, że najważniejsza część buntu miała się rozegrać w krematorium II. Więźniowie planowali, że zaatakują wartowników SS, którzy każdego dnia o godz. 18.00 przechodzili w pobliżu bramy idąc do wieżyczek, zabiją ich i zdobędą broń. To miał być sygnał do walki.

Esesmani przyszli jednak po godz. 13., by zabrać więźniów z krematorium IV. Zostali zaatakowani. Więźniowie byli uzbrojeni w kamienie, młotki i siekiery. Podpalili krematorium. Akcję podjęli także osadzeni w krematorium II. Zabili m.in. kapo Toepfera. „Ocaleni opowiedzieli nam, co zrobili z Karlem, niemieckim kapo, tym pospolitym kryminalistą, który najprawdopodobniej doniósł o planowanym buncie. Ogłuszyli go i tak jak stał, w ubraniu wrzucili do pieca” – relacjonował Venezia. Historyk z Muzeum Auschwitz Igor Bartosik podaje, że Toepfer przed wrzuceniem został zasztyletowany.

Więźniowie przerwali druty obozowe i zaczęli uciekać w stronę Pławów. Drogę przeciął im oddział alarmowy SS. W wyniku ostrzału polegli oni w okolicach obozowego gospodarstwa rolnego.

W walce zginęło ok. 250 więźniów. Byli wśród nich organizatorzy buntu. Ok. 200 zatrzymanych rozstrzelano wkrótce potem. „Zebrano nas przy krematorium. Przemawiał komendant. Pytał, czy zdajemy sobie sprawę z tego, co zrobiliśmy? Powiedział, że poniesiemy konsekwencje. Kazano nam położyć się twarzą do ziemi, ręce do tyłu i rozstrzeliwano co trzeciego” – wspominał po wojnie więzień Sonderkommano Henryk Mandelbaum.

Liczba osób w Sonderkommando zmniejszyła się po buncie z 663 do 212. Pozostałych przy życiu Niemcy umieścili w krematorium III.

Po buncie Niemcy wszczęli dochodzenie, skąd więźniowie mieli proch. Ustalili, że dostarczały go żydowskie dziewczęta zatrudnione w fabryce: Roza Robota, Ala Gaertner, Regina Safirsztain i Estera Wajcblum. Zostały powieszone trzy tygodnie przed wyzwoleniem obozu.

Pierwsze Sonderkommando powstało, by obsługiwać krematorium I w obozie macierzystym Auschwitz, w którym już latem 1941 r. palono ciała. Na początku lata 1944 r., gdy do Birkenau docierały transporty z Żydami węgierskimi, liczyło ono ok. 900 więźniów. Zawsze byli on izolowani od reszty. Obóz przeżyło zaledwie kilkudziesięciu.

Po wojnie były więzień Sondermommando Henryk Mandelbaum mówił: „Kiedy trafiłem do niego, było tak, jakbym do piekła trafił. Ja to palenie, wyrywanie zębów mam codziennie przed sobą. Chodzę z tymi obrazami, jem, śpię, tańczę, śpiewam. Tego się nie da wymazać. Mam to we krwi, w całym ciele” – wspominał. Mandelbaum zmarł 17 czerwca 2008 r.

Niemcy założyli obóz Auschwitz w 1940 r., aby więzić w nim Polaków. Auschwitz II-Birkenau powstał dwa lata później. Stał się miejscem zagłady Żydów. W kompleksie obozowym funkcjonowała sieć podobozów. W Auschwitz Niemcy zgładzili co najmniej 1,1 mln ludzi, głównie Żydów. Spośród ok. 140-150 tys. deportowanych do obozu Polaków śmierć poniosła niemal połowa. W Auschwitz ginęli także Romowie, jeńcy sowieccy i osoby innej narodowości.