Na zwycięzców konkursu EKOinnowatorzy 2021 czekają nagrody w postaci bonów podarunkowych oraz pamiątkowe statuetki. Nagrody zostaną przyznane niezależnie w każdej z trzech kategorii konkursowych, a także w kategoriach specjalnych. Ponadto, wszyscy uczestnicy otrzymają certyfikaty potwierdzające udział w konkursie. Dodatkową nagrodą, która została przewidziana przez Organizatora dla zwycięzców konkursu, jest możliwość udziału w międzynarodowej konferencji naukowej  zaplanowanej w przyszłym roku.