Festiwal powstał w Filharmonii Krakowskiej w 1966 roku z inicjatywy prof. Eugenii Umińskiej – ówczesnego rektora Państwowej Wyższej Szkoły Muzycznej oraz Henryka Czyża – dyrektora artystycznego Filharmonii, dla upamiętnienia zasług prof. Bronisława Rutkowskiego – artysty, pedagoga i długoletniego rektora krakowskiej PWSM, dzięki któremu nastąpił renesans sztuki organowej w Polsce. Na przestrzeni prawie sześciu dekad jego istnienia w ramach wydarzenia organizowane były różnorodne koncerty: recitale, koncerty kameralne, symfoniczne i oratoryjne, a bogaty repertuar cyklu obejmował dzieła od renesansu aż do czasów współczesnych. Literaturę organową prezentowali dotąd m.in. tak znakomici wirtuozi, jak Marie-Claire Alan, Jennifer Bate, Guy Bovet, Josef Bucher, Olivier Latry, Simon Preston, Lionel Rogg, Daniel Roth, Almut Rössler, David Titterington czy Gillian Weir, a także Joachim Grubich i Andrzej Białko.
Koncerty tegorocznej edycji Dni Muzyki Organowej zainicjowały Poranki Organowe, jakie odbyły się w poniedziałek, 1 grudnia 2025 roku. Podczas spotkań o charakterze edukacyjnym wirtuoz organów Michał Białko zaprezentował słuchaczom dzieła organowe niemieckojęzycznego kręgu kulturowego – Pachelbela, Buxtehudego, Bacha, Mendelssohna czy Regera, ale także odniósł się do postaci zmarłego 7 czerwca tego roku profesora Włodzimierza Siedlika, który dokładnie 1 grudnia kończyłby 62 lata.
Kolejnym wydarzeniem tegorocznej edycji festiwalu i jednocześnie najistotniejszym ze względu na program oraz skład wykonawczy, będzie prezentacja oratorium Feliksa Nowowiejskiego Quo vadis – w piątek, 5 grudnia 2025 o godz. 19.30 i w sobotę, 6 grudnia br. o godz. 18.00 w ramach koncertów abonamentowych. Quo vadis od premiery w 1907 roku w Usti, a szczególnie po rewizji w roku 1909, odnosiło spektakularny sukces i święciło triumfy na około dwustu scenach na całym świecie. Do tej pory w repertuarze zespołów Filharmonii Krakowskiej dzieło pojawiło się jedynie raz – w 1969 roku za sprawą Jerzego Katlewicza. Teraz wraca poprowadzone przez dyrektora Opery Krakowskiej – Piotra Sułkowskiego. Na estradzie wystąpią Orkiestra i Chór Filharmonii Krakowskiej, w partiach solowych usłyszymy Wiolettę Chodowicz jako Ligię, Wojtka Gierlacha w partii Dowódcy Pretorian oraz Tomasza Kumięgę jako Kapłana oraz Piotra, przy organach zasiądzie Michał Białko. Obie prezentacje oratorium odbywają się w ramach projektu Akademia Orkiestrowa realizowanego przez Akademię Muzyczną im. Krzysztofa Pendereckiego w Krakowie, koncert w dniu 5 grudnia 2025 roku wieńczy natomiast obchody 1000-lecia Królestwa Polskiego w Małopolsce. Sobotni koncert poprzedzi rozmowa z Piotrem Sułkowskim zatytułowana Genialne, popularne, zapomniane. Quo vadis Feliksa Nowowiejskiego, która odbędzie się w ramach Dyskusyjnego Klubu Muzycznego „Wszystko Gra” prowadzonego przez Agnieszkę Malatyńską-Stankiewicz. Początek rozmowy o godz. 16.30 w Sali Złotej, wstęp na spotkanie jest nieodpłatny.