Urodził się 5 lipca 1937 roku w Warszawie. W 1960 skończył historię sztuki w Poznaniu, a jego praca magisterska nosiła tytuł "Późnogotycki ołtarz zwany Jerozolimskim z Kościoła Najświętszej Marii Panny w Gdańsku". Pracował jako asystent w Katedrze Historii Sztuki na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. Pierwszą profesję zakonną złożył w 1964 roku, a sakrament święceń przyjął w 1970 roku. Przez całe swoje zakonne życie był związany z Krakowem.
Kaznodzieja i myśliciel
Znany kaznodzieja i publicysta, filozof religii, profesor Papieskiej Akademii Teologicznej, prowadzący popularne „dwunastki” – niedzielne msze święte u krakowskich Dominikanów, noszące status „nabożeństwa dla intelektualistów”, w czasie których wygłasza swe słynne homilie – nieraz nagradzane spontanicznym aplauzem, zawsze szeroko dyskutowane. „Błyskotliwy mówca, przenikliwy myśliciel, otwarty na problemy świata i człowieka” – tak o krakowskim profesorze można było usłyszeć od jego studentów. Jest autorem kilku książek, m.in. „Dróg człowieka mistycznego”, oraz niezliczonej ilości publikacji.
Felietony o. Kłoczowskiego w Radiu Kraków
Był także radiowcem, związanym przez wiele lat z naszą rozgłośnią. Na początku w jego opowieściach była... Biblia. Pierwsze, biblijne felietony ojca Jana Andrzeja Kłoczowskiego pojawiły się w Radiu Kraków w 1991 roku. Pod wspólnym szyldem radiowych "Prawd nieoczywistych" regularnie co niedzielę Jan Andrzej Kłoczowski analizował najważniejsze biblijne wątki i tropy, mówiąc o sprawach najistotniejszych językiem pięknym i zrozumiałym dla wszystkich.
Po Biblii przyszedł czas na komentarze do bieżących wydarzeń liturgicznych, a także do zmieniającej się rzeczywistości. Po Biblii przyszedł czas na filozofię, a także poezję - o. Kłoczowski objawił się jako jej wspaniały czytelnik, pasjonat wierszy Czesława Miłosza Tadeusza Różewicza. Polemizował z tezami Leszka Kołakowskiego, przywoływał dzieła sztuki, od ikon Andrieja Rublowa, przez obrazy angielskiego mistyka Wiliama Blake'a po prace Jerzego Nowosielskiego.