1 września, o 6:35 okręt wyszedł w morze i przez 10 dni patrolował Bałtyk, ale zachowanie dowódcy, komandora Henryka Kłoczowskiego, budziło wątpliwości. Wyglądało na to, że unika walki, kierując "Orła" w rejony wolne od nieprzyjaciela. Następnie, wymawiając się zatruciem, polecił zawinąć do Tallina, aby mógł udać się do szpitala. W ten sposób, 14 września, "Orzeł" wszedł do portu w estońskiej stolicy.   

To właśnie w Tallinie, z konieczności, Jan Grudziński objął dowodzenie po komandorze Kłoczowskim, który zszedł na ląd. Jak Grudziński wspominał później w rozmowie dla BBC, miał pełne zaufanie co do legalności swoich działań i postawy Estończyków. Ci jednak, pod presją niemiecką, internowali "Orła", usuwając z niego mapy i część uzbrojenia. Aby nie dopuścić do całkowitego rozbrojenia jednostki, podjęto decyzję o ucieczce, która nastąpiła nocą 17 września. Mogli uciekać na Hel, mogli przebijać się do Wielkiej Brytanii. Ale najpierw postanowili dokończyć, co nakazywał obowiązek. Bez map i z jedynie sześcioma torpedami na pokładzie - patrolowali Bałtyk tak długo, jak się dało.

Dało się do 7 października - pięć dni wcześniej poddał się Hel, a 5 zakończyła się ostatnia bitwa wojsk lądowych - pod Kockiem. Na okręcie brakowało już słodkiej wody i Grudzińskiemu pozostało jedyne wyjście - Anglia. Ale do tego trzeba było przejść przez cieśniny duńskie, kontrolowane przez Kriegsmarine z jednej, a marynarkę szwedzką - z drugiej strony. Leżąc na dnie w ciągu dnia, przedzierali się nocą. W wynurzeniu - by w razie ataku móc ewakuować się z okrętu. Nie bez dramatycznych przygód, po pięciu dniach nerwów, wyszli na Morze Północne. Mogli szybciej, ale Grudziński postanowił jeszcze zapolować. Niestety szczęście im nie dopisało i 14 października nie było już naprawdę innego wyjścia jak skierować się do Anglii.  
Po bałtyckiej epopei "Orzeł" pozostawał w remoncie przez miesiąc i 29 grudnia wyszedł na swój pierwszy patrol w składzie Drugiej Flotylli Royal Navy. Ale rewanż na Niemcach Grudziński wziął dopiero w kwietniu 1940, kiedy zatopił pozornie handlowy statek "Rio De Janeiro" - po trafieniu go torpedą pokład zaroił się od żołnierzy Wehrmachtu. W ten sposób świat dowiedział się o niemieckiej napaści na Norwegię. Historia "Orła" i jego dowódcy kończy się nagle 23 maja 1940 roku, kiedy okręt wyszedł na swój ostatni patrol, z którego już nigdy nie powrócił. 

Za swoję postawę kapitan Jan Grudziński został pośmiertnie awansowany do stopnia komandora podporucznika i odznaczony Złotym Krzyżem Orderu Wojennego Virtuti Militari. Wcześniej otrzymał już także Krzyż Walecznych, Medal Morski i brytyjski Distinguished Service Order.

 

 

Andrzej Kukuczka