Jak zauważa prof. Rafał Łętocha z Instytutu Religioznawstwa Uniwersytetu Jagiellońskiego:
- to właśnie dzięki misjonarzom towarzyszącym Cortezowi mamy relacje o bestialstwach, które miały tam miejsce. Ci ludzie w habitach podążający za konkwistadorami byli wstrząśnięci tym, jak zachowywali się ci żołdacy. Misjonarze opisywali między innymi, że bez powodu zarzynano przypadkowo napotkanych ludzi, porywano kobietom dzieci i rzucano je na pożarcie psom.
I to wszystko, przynajmniej w teorii, w imię Boga. Cortez upstrzył przecież Meksyk krzyżami, Pizarro założył w Cuzco pierwsze w świecie andyjskim biskupstwo. Celem wszystkich wypraw do Ameryki, od tej pierwszej – wyprawy Kolumba – miało być „poszerzenie Królestwa Bożego na ziemi”.
Konkwistadorzy, podbijając kolejne tereny, posługiwali się „Requerimiento”, dokumentem, który odczytywali (po hiszpańsku) podbijanym ludom, wzywając je do nawrócenia się, przyjęcia prawdziwej wiary i uznania władzy papieża.
- A jeśli tego nie uczynicie lub przewrotnie ociągać się będziecie, oświadczamy, że z boską pomocą wystąpimy przeciwko wam z całą naszą potęgą i wydamy wam wojnę wszędzie i wszelkimi środkami, i nałożymy wam jarzmo, i zmusimy do posłuszeństwa wobec Kościoła i Majestatu Ich Królewskich Mości, i zabierzemy wam żony i dzieci, i uczynimy z nich niewolników, i sprzedamy ich, i będziemy nimi rozporządzać zgodnie z wolą Majestatu Ich Królewskich Mości, i zabierzemy wam wasze dobra, i uczynimy wam wszelkie zło i szkody, jakie będą w naszej mocy.
Czynienie tego „zła i szkód” szybko spotkało się jednak z silnym oporem części misjonarzy, a za ich wpływem także władz kościelnych i świeckich w Rzymie i Madrycie. Najsłynniejszym szesnastowiecznym obrońcą rdzennych Amerykanów był hiszpański dominikanin Bartolomé Las Casas, który spisał i rozprzestrzenił w Europie „Krótką historię o wyniszczeniu Indian”.
Głosy oburzenia i sprzeciwu ze strony misjonarzy doprowadziły do tego, że już w 1512 roku ogłoszono Prawa z Burgos (hiszp. Leyes de Burgos), pierwsze prawa przyznane rdzennym Amerykanom; w 1537 roku Paweł III wydał bullę Sublimis Deus, w której jednoznacznie rozstrzygnął, że „Indianie naprawdę są ludźmi i są zdolni do rozumienia wiary katolickiej” (co wcześniej było kwestią dyskusyjną); w 1542 roku król Hiszpanii Karol I (znany później jako cesarz rzymski – Karol V) wydał Prawa Nowe (Leyes Nuevas).
Prof. Łętocha: tu po pierwsze nie ma już żadnych wątpliwości, że rdzenni Amerykanie są ludźmi, po drugie prawa te zabraniały obracania ich w niewolę, po trzecie Karol I uczynił ich obywatelami i poddanymi korony. Anglicy w Ameryce północnej nie zrobili tego nigdy, a w Stanach Zjednoczonych rdzenni Amerykanie zostali uznani za obywateli dopiero w 1924 roku
Nie ma wątpliwości, że los rdzennych Amerykanów podległych katolikom był nieco lepszy, niż tych, których ziemie zostały podbite przez państwa protestanckie. W niektórych okresach można wręcz mówić o rozkwicie kulturalnym, społecznym i gospodarczym. Najlepszym na to przykładem są tak zwane redukcje paragwajskie.